mapbox-glを使ってマーカーをクリックしたらポップアップを表示する記事はネットに沢山あるけど
マーカーにマウスが乗ったらポップアップを表示とか、地図の初期表示時からポップアップを表示とかの記事を見つけられなかったので残しておこうと思います。
つまり、好きなタイミングで好きなところにポップアップを表示する方法です。
var popup = new mapboxgl.Popup()
.setLngLat(座標)
.setHTML(表示したい文字列)
.addTo(マップオブジェクト);例）
var popup = new mapboxgl.Popup()
.setLngLat([lng, lat])
.setHTML('<h1>popup</h1>')
.addTo(map);