bigintのteacher_idカラム1つだけのcheck_teachersテーブルをcreate。

teacher_idを1から40,000まで連番でinsertしてみた。

レコード件数は正しく40,000件表示となっている。
続けて50,000件までinsertし、件数を確認してみると50,537件になっている。

SQLで件数を取得すると正しく50,000件になっている。
select
count(1) cnt
from
check_teachers ct
;

結論
この件数は、近似値らしい。
ちなみに、テーブルを複製すると複製した側のレコード件数は正しく50,000件になっている。
CREATE TABLE test LIKE check_teachers;
INSERT INTO test SELECT * FROM check_teachers;

テーブルの変更を行うと正しい件数になる。
ALTER TABLE `check_teachers` CHANGE `teacher_id` `teacher_id` BIGINT(20) UNSIGNED NOT NULL COMMENT 'hoge';

もう~、ドキッとするじゃん(苦笑)