すでに対象にファイルがコミットされている場合に起こります。
なので、１度対象ファイルをキャッシュから削除してコミットする必要があります。
■.ignore対象ファイルのキャッシュ削除
git rm -r --cached ./xxx/xxxxx/xxx.logディレクトリごと削除したい場合
git rm -r --cached ./tools/__pycache__/*全てのファイルのキャッシュを削除したい場合
git rm -r --cached .■コミットする
更新した.gitignoreファイルと一緒にキャッシュ削除分をコミットする。
これで、次回から.gitignoreに記述されたファイルやディレクトリ配下はコミットの対象にならなくなります。